醫療渣滓的滅菌、枯燥均在高溫蒸汽滅菌器內實現。高溫蒸汽滅菌器的運轉次要由以下幾個工藝構成：脈動真空階段、蒸汽滅菌階段、枯燥階段。整個工藝進程由管制面板內的PLC 管制實現。

(1)脈動真空階段

脈動真空進程包括3 次抽真空進程，先抽真空至負壓，掃除高溫蒸汽滅菌器內的空氣，而后關上蒸汽入口閥，送入飽和蒸汽使滅菌室內壓力回升至0.32 MPa，然后再抽氣至負壓形態，如此重復抽送3 次使設施到達要求的負壓值，使內腔中98 %以上的空氣齊全排出，以保障高壓蒸汽更容易浸透至物料外部，使得物料與蒸汽愈加充沛的接觸，最終保障滅菌的效果。

(2)高溫蒸汽滅菌階段

待滅菌室內達到規則負壓值，通入飽和蒸汽，使得溫度升至134 ℃，進入滅菌階段，該進程次要是溫度調理進程。當溫度低于134 ℃時，持續充蒸汽，當溫度高于134 ℃時，進行充蒸汽。要求在134 ℃的溫度，維持45 分鐘。

(3)枯燥階段

高溫蒸汽滅菌器內，在134 ℃的溫度，維持45 分鐘以上的工夫后，可以經過強力抽真空，除去高溫蒸汽滅菌器內的蒸汽和冷凝水，充入空氣，實現枯燥。枯燥階段實現后，關上高溫蒸汽滅菌器門，將滅菌內車拖出，實現一次蒸汽滅菌進程。